Tuy nhiên, cũng chính những tác động mạnh mẽ ấy vô hình chung đã tạo ra những ảnh hưởng không mong đợi về hệ quả của việc nhìn nhận và đánh giá, chọn lựa các trường đại học thông qua kết quả xếp hạng các trường đại học…Cụ thể, kết quả xếp hạng đã mở rộng ảnh hưởng và càng ngày càng tạo ra tác động mạnh mẽ, đa chiều đến tất cả các đối tượng liên quan từ vĩ mô tới vi mô bao gồm: Từ nhà nước tới những người hoạch định chính sách quốc gia; từ các trường đại học với thành phần những nhà quản lý, người nghiên cứu, giảng viên cho tới phụ huynh và sinh viên; từ các nhà tuyển dụng và doanh nghiệp cho tới người “tiêu thụ sản phẩm tri thức” mà các trường đại học tạo dựng. Bạn có thể thấy:
Trước hết, kết quả xếp hạng này tác động đến chính phủ các nước, nhất là trong việc phân bổ ngân sách cho giáo dục.
Thứ bậc xếp hạng còn ảnh hưởng trực tiếp đến uy tín của các trường đại học và cá nhân những người lãnh đạo của các trường ấy. Một trường hợp không xa, Hiệu trưởng Trường Đại học Malaya – một trường công lâu đời và lớn nhất ở Malaysia đã bị cách chức khi kết quả xếp hạng của trường này trong bảng xếp hạng THES năm bị 2006 tụt xuống hơn 80 bậc so với trước đó, dù nguyên nhân đã được giải thích là do THES điều chỉnh lại cách tính sinh viên quốc tế của trường này chứ không phải do kết quả hoạt động của nó kém đi so với trước. Rất nhiều trường đại học lo lắng về kết quả xếp hạng đến mức từ chối không tham gia bảng xếp hạng.
Kết quả xếp hạng các trường đại học chắc chắn cũng ảnh hưởng tới quyết định chọn trường của sinh viên quốc tế. Một ví dụ tiêu biểu, cơ quan kiểm toán của Úc khi làm việc với trường Đại học Monash, qua phỏng vấn nhiều sinh viên đã phát hiện thấy uy tín của Monash và vị trí của nhà trường trong bảng xếp hạng là nhân tố quan trọng nhất khiến sinh viên quyết định theo học tại đây (AUQA, 2006). Từ đó có thể thấy vấn đề nhìn nhận vào kết quả xếp hạng đang khơi sâu thêm khoảng cách giữa các trường đại học: Những trường tốt nhất sẽ thu hút những sinh viên giỏi nhất và những trường không tên tuổi thì nhận những sinh viên kém hơn.
Kết quả xếp hạng đại học cũng ảnh hưởng đến quyết định chọn nơi làm việc của các nhà khoa học, các giảng viên. Những giảng viên trẻ luôn mơ ước được làm việc ở những trường danh tiếng, không đơn thuần chỉ vì danh tiếng của trường, mà còn vì đó là nơi có thể cho họ những nhiều điều cần thiết nhất để phát triển sự nghiệp tri thức của mình.
Đối với các nhà tuyển dụng, kết quả xếp hạng các trường cũng có tác động đến quyết định của họ khi chọn người làm việc.
Vì những tác động nói trên, mà kết quả xếp hạng các trường đại học đang tiếp tục ảnh hưởng một cách sâu sắc đến định hướng, chiến lược của mọi đối tượng liên quan từ nhà nước cho tới từng cá nhân. Mặc cho nhiều nhược điểm đang còn đó, các hệ thống xếp hạng đại học cấp quốc gia và quốc tế vẫn sẽ tiếp tục tồn tại và gây ảnh hưởng sâu rộng trong xã hội. Qua đó, đòi hỏi mỗi chúng ta cần tỉnh táo hơn để nhìn nhận lại vấn đề: Sử dụng kết quả xếp hạng cho những mục đích của mình sao cho tốt nhất!